许多野生动物是重要人类传染病病原体的自然宿主，这些病原体一旦接触并感染人类，可能引起严重疾病，形成重大公共卫生事件。研究发现，人们熟知的艾滋病毒（HIV）来自非洲的黑猩猩和大猩猩；登革病毒（Dengue virus）来自埃及伊蚊和白纹伊蚊；严重急性呼吸道综合症（SARS）也称“非典型肺炎”冠状病毒（SARS-CoV）、中东呼吸综合症冠状病毒（MERS-CoV）、埃博拉病毒（Ebola virus）据证都来自蝙蝠；寨卡病毒（Zika Virus）来自非洲伊蚊等蚊虫；来自禽类、猪、马等的流感病毒也可以导致人类罹患流感等等。对动物尤其是野生动物携带微生物和寄生虫等情况进行基础性、前瞻性调查及相关研究，将会对人类传染病的预警及防控提供可靠的理论指导。国家自然科学基金委员会服务国家重大战略需求，于2012年正式立项重大项目，资助我国优秀的科学家团队对动物源性病原体进行了前沿研究。
重大项目验收会首先听取项目负责人徐建国院士及五个课题负责人石正丽、梁国栋、张永振、曹务春、徐建国研究员对项目及课题结题情况的汇报，在充分交流的基础上，对项目结题情况进行认真评价。专家组认为，项目组经过五年努力，在标本采集、微生物及病原体的发现与鉴定、微生物的进化与致病性等多个方面，取得一批重大研究成果，形成一系列重要论文；研究过程培养了一批高水平专业人才，提升了我国科学家在该领域的学术地位；也支撑了我国相关的重要战略研究和科普宣传，已经并将进一步形成重要的社会影响。具体成果包括：（1）发现和鉴定了一批新的病原体，并在相关技术上取得创新突破。在国际上率先发现和命名了4种新的病原体；在我国首次发现20种新的病原体；发现9种过去认为非致病微生物的致病性；发现已知病原体的新基因型24个、新动物宿主4个，分离和命名了新的细菌10种，利用宏基因组技术发现1640余种新病毒。（2）通过研究病原体与动物宿主关系，提升了对潜在病原体野外宿主谱的认识。发现喜马拉雅旱獭携带已经存在千年的喜马拉雅型蜱传脑炎病毒和喜马拉雅旱獭甲肝病毒。首次揭示了我国蝙蝠、蜱、蚊、喜马拉雅旱獭、秃鹫、广西猕猴等野生动物的病毒谱或细菌谱。（3）前瞻性地提出我国存在潜在新发传染病的风险，主要包括西尼罗病毒、寨卡病毒、SARS样冠状病毒、山羊无形体、艾尔博特埃希菌等的感染。（4）在病原微生物学基础认识上，获得若干具有重要理论意义的创新。主要包括：①获得了SARS病毒可能来源于蝙蝠的更有说服力的证据；②重新界定无脊椎动物RNA病毒圈，可能会带来病毒分类学的重大变化；③发现节肢动物可能是RNA病毒进化的“心脏”；④发现RNA病毒从单链进化为双链的新机制等。（5）大量研究成果发表在权威学术期刊及核心期刊上，包括Nature（《自然》），Science（《科学》），New England Journal of Medicine（《新英格兰医学杂志》），Lancet Infectious Diseases（《柳叶刀•传染病》），Nature Medicine（《自然•医学》），Annals of Internal Medicine（《内科学年鉴》），eLife（《e生命》），PNAS（《美国科学院院刊》），PLOS Pathogens（《科学公共图书馆•病原体》）等。（6）培养了一批专门人才，研究成果已获得省部级自然科学一等奖一项、科技进步一等奖一项。部分成果已在中央电视台等国内外重要媒体进行报道。